首先哥斯拉不是人类的守护神，是地球的守护神，哥斯拉破坏的是人类世界并不是破坏地球，当人类成为地球的寄生虫破坏原生地球环境达到一定程度的时候就会出现肃清人类。至于设定的变化可以这么理解，一开始现代人类接触到哥斯拉是因为核弹实验，故以为哥斯拉是核辐射的产物，但在随着越来越多古代遗迹的发掘发现其实哥斯拉是很早就已经存在的地球原生生物，这么解释就通了。